Az EIONET munkájában az alábbi hazai intézmények vesznek részt:
Alapvető Jogok Biztosának Hivatala (AJBH)
Agrárközgazdasági Intézet (AKI)
Agrárminisztérium (AM)
Balatoni Limnológiai Kutatóintézet (BLKI)
Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem (BME)
Csillagászati és Földtudományi Kutatóközpont (CSFK)
Eötvös Loránd Tudományegyetem (ELTE)
Eszterházy Károly Főiskola (EKU)
Építési és Közlekedési Minisztérium (ÉKM)
Herman Ottó Intézet Nonprofit Kft. (HOI)
Kormányzati Informatikai Fejlesztési Ügynökség (KIFÜ)
Közlekedéstudományi Intézet Nonprofit Kft. (KTI)
Központi Statisztikai Hivatal (KSH)
Lechner Lajos Tudásközpont (LLTK)
Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetem (MATE)
Magyar Közút Nonprofit Kft. (Közút)
Magyar Madártani és Természetvédelmi Egyesület (MME)
Magyarországi Üzleti Tanács a Fenntartható Fejlődésért (BCSDH)
Miniszterelnökség (ME)
Nemzeti Élelmiszerlánc-biztonsági Hivatal (NÉBIH)
Nemzeti Földügyi Központ (NFK)
Nemzeti Népegészségügyi Központ (NNK)
Nyugat-Balkáni Zöld Központ (WBGC)
Országos Meteorológiai Szolgálat (OMSZ)
Országos Vízügyi Főigazgatóság (OVF)
Széchenyi István Egyetem (SZE)
