Az EIONET munkájában az alábbi hazai intézmények vesznek részt:

Alapvető Jogok Biztosának Hivatala (AJBH)

Agrárközgazdasági Intézet (AKI)

Agrárminisztérium (AM)

Balatoni Limnológiai Kutatóintézet (BLKI)

Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem (BME)

Csillagászati és Földtudományi Kutatóközpont (CSFK)

Energiaügyi Minisztérium (EM)

Eötvös Loránd Tudományegyetem (ELTE)

Eszterházy Károly Katolikus Egyetem (EKKE)

Építési és Közlekedési Minisztérium (ÉKM)

Herman Ottó Intézet Nonprofit Kft. (HOI)

HungaroMet Magyar Meteorológiai Szolgáltató Nonprofit Zrt. (HungaroMet)

Közlekedéstudományi és Építésügyi Minőségellenőrző Intézet  (KTI)

Központi Statisztikai Hivatal (KSH)

Lechner Tudásközpont Nonprofit Kft. (LLTK)

Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetem (MATE)

Magyar Közút Nonprofit Zrt. (Közút)

Magyar Madártani és Természetvédelmi Egyesület (MME)

Magyarországi Üzleti Tanács a Fenntartható Fejlődésért (BCSDH)

Miniszterelnökség (ME)

Nemzeti Élelmiszerlánc-biztonsági Hivatal (NÉBIH)

Nemzeti Földügyi Központ (NFK)

Nemzeti Népegészségügyi és Gyógyszerészeti Központ (NNGYK)

Nyugat-Balkáni Zöld Központ (WBGC)

Országos Vízügyi Főigazgatóság (OVF)

Ökológiai Kutatóközpont (ÖK)

Széchenyi István Egyetem (SZE)