Az EIONET munkájában az alábbi hazai intézmények vesznek részt:
Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem
Földmérési és Távérzékelési Intézet (FÖMI)
Közép- és Kelet-Európai Regionális Környezetvédelmi Központ (REC)
Közlekedéstudományi Intézet Nonprofit Kft.
Központi Statisztikai Hivatal (KSH)
Lechner Lajos Tudásközpont (LLTK)
Magyar Energetikai és Közmű-szabályozási Hivatal
Magyar Földtani és Geofizikai Intézet
Magyar Tudományos Akadémia, Agrártudományi Kutatóközpont, Talajtani és Agrokémiai Intézet (MTA TAKI)
Magyar Tudományos Akadémia, Ökológiai Kutatóközpont, Ökológiai és Botanikai Intézet (MTA ÖBKI)
Nemzeti Élelmiszerlánc-biztonsági Hivatal (NÉBIH)
Nemzeti Fejlesztési Minisztérium
Nemzeti Környezetügyi Intézet (NeKI)
Országos Környezetegészségügyi Intézet
Országos Környezetvédelmi és Természetvédelmi Főfelügyelőség
Országos Meteorológiai Szolgálat (OMSZ)
Országos Vízügyi Főigazgatóság