Az EIONET munkájában az alábbi hazai intézmények vesznek részt:

Agrárminisztérium

Alsótiszavidéki Zöldhatóság

Belügyminisztérium

Budapesti Corvinus Egyetem

Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem

Eötvös Loránd Tudományegyetem

Eszterházy Károly Főiskola

Földmérési és Távérzékelési Intézet (FÖMI)

Közép- és Kelet-Európai Regionális Környezetvédelmi Központ (REC)

Közlekedéstudományi Intézet Nonprofit Kft.

Központi Statisztikai Hivatal (KSH)

Lechner Lajos Tudásközpont (LLTK)

Magyar Energetikai és Közmű-szabályozási Hivatal

Magyar Földtani és Geofizikai Intézet

Magyar Tudományos Akadémia, Agrártudományi Kutatóközpont, Talajtani és Agrokémiai Intézet (MTA TAKI)

Magyar Tudományos Akadémia, Csillagászati és Földtudományi Kutatóközpont, Földrajztudományi Intézet (MTA FKI)

Magyar Tudományos Akadémia, Ökológiai Kutatóközpont, Ökológiai és Botanikai Intézet (MTA ÖBKI)

Miniszterelnöki Hivatal

Nemzeti Élelmiszerlánc-biztonsági Hivatal (NÉBIH)

Nemzeti Fejlesztési Minisztérium

Nemzetgazdasági Minisztérium

Nemzeti Környezetügyi Intézet (NeKI)

Országos Katasztrófavédelem

Országos Környezetegészségügyi Intézet

Országos Környezetvédelmi és Természetvédelmi Főfelügyelőség

Országos Meteorológiai Szolgálat (OMSZ)

Országos Vízügyi Főigazgatóság

Szegedi Tudományegyetem

Szent István Egyetem

Széchenyi István Egyetem

VAHAVA Hálózat